Нина Евгеньевна Шубина родилась в Москве. Выпускница дирижёрско-хорового факультета РАМ имени Гнесиных (класс Заслуженной артистки России, доцента Марии Афанасьевны Бондарь).
В 2003 году закончила ФПК РАМ имени Гнесиных по специальности «Орган» в классе и. о. профессора Александра Владимировича Фисейского.
С 1996 по 2003 гг. – руководитель и органистка церковного хорового ансамбля Лютеранской церкви св. Петра при посольстве Латвии в Москве. В настоящее время работает в ДМШ имени Н. Г. Рубинштейна.
В 2004 году Н. Е. Шубина начала преподавательскую деятельность в РАМ имени Гнесиных (курс «Гимнология»). С сентября 2008 года также является преподавателем по педагогической практике. Помимо этих дисциплин с 2009 года – преподаёт концертмейстерский класс, а с 2010 года ведёт курс «История исполнительского искусства». С августа 2012 года Нина Евгеньевна – старший преподаватель Кафедры органа и клавесина. С сентября 2012 года сфера её педагогической деятельности расширилась за счёт дисциплин «Камерный ансамбль» и «Музыкальная педагогика в ДМШ».