Екатерина Александровна Мельникова – выпускница Московской государственной консерватории имени П. И. Чайковского по специальностям: «Орган» (диплом с отличием) и «Музыковедение» (диплом с отличием). С 1989 г. по 1991 г. стажировалась в МГК имени П. И. Чайковского по специальности «Орган» (класс профессора А. С. Паршина), а в 1996-1998 гг. – в Лондонской королевской академии музыки, где её наставниками были Николас Дэнби, Джиллиан Вейр и Нажи Хаким (Диплом с отличием).
Е. А. Мельникова – лауреат нескольких Международных конкурсов: в Праге (1981, Первая премия), в Лондоне (1998) и в Калининграде (1999, звание Лауреата и специальный приз Санкт-Петербургской филармонии «За самую яркую концертную программу»). Екатерина Александровна принимает участие в Международных музыкальных фестивалях и выступает с сольными концертами в крупнейших европейских храмах и концертных залах (Лондон – Вестминстерское аббатство; Париж – церковь Святой Троицы и церковь св. Евстахия; Москва – Концертный зал им. П. И. Чайковского, Малый и Большой залы Московской консерватории; Санкт-Петербург – Большой зал филармонии и др.)
Е. А. Мельникова – автор транскрипций для органа (10 пьес из «Детского альбома» П. И. Чайковского, «Карнавал животных» К. Сен-Санса, «Половецкая пляска» из оперы А. Бородина «Князь Игорь», «Марш» и «Галоп» из оперы «Проданная невеста» Б. Сметаны). Она осуществила ряд записей на компакт-дисках (органные концерты Г. Ф. Генделя, транскрипции для органа, органные произведения М. Таривердиева) и на телевидении (телевизионный фильм о музыке С. Франка; участие в кинофильме «QuoVadis?» на музыку органной симфонии «Чернобыль» М. Таривердиева; программы «Музыка в Эфире», музыкальный журнал «Соль», Новости культуры).
С ноября 2005 года по февраль 2008 года состояла в должности Главного органиста Римско-католического Кафедрального собора Непорочного зачатия Девы Марии в Москве.
С 2004 по 2008 год Е. А. Мельникова вела факультативный курс «Основы импровизации и транскрипции» в Органном классе РАМ имени Гнесиных.