Мария Макаренко родилась в 1976 году в городе Вятка. В 1996 году закончила фортепианное отделение музыкального училища им. М. А. Балакирева в Нижнем Новгороде. С 1997 по 2001 год училась в Нижегородской государственной консерватории имени М. И. Глинки (класс фортепиано — Галина Борисовна Благовидова). Там же с 2000 года начала факультативно заниматься в классе органа у Татьяны Рудольфовны Бочковой.
В 2001 году зачислена в Российскую академию музыки имени Гнесиных (класс органа — и. о. профессора Александр Владимирович Фисейский, класс фортепиано — профессор Инна Васильевна Малинина).
В 2005 году закончила обучение по специальности «Орган» с оценкой «отлично».