Маргарита Еськина родилась в 1983 году в Ленинграде. В 1998 году окончила музыкальную школу по классу фортепиано у Калерии Адольфовны Сандовской. В 2002 г. закончила фортепианное отделение музыкального училища при Санкт-Петербургской консерватории им. Н. А. Римского-Корсакова (класс органа — Юрий Николаевич Семёнов, класс фортепиано — Владимир Викторович Поляков, класс клавесина — Владимир Михайлович Радченков). Первый сольный концерт на фортепиано дала в 14-летнем возрасте.
В 2002 году зачислена в Российскую академию музыки имени Гнесиных (класс органа — и. о. профессора Александр Владимирович Фисейский, класс фортепиано — Ирина Владимировна Чуковская).
В апреле 2005 года и в апреле 2007 года принимала участие в Международном конкурсе органистов в Санкт-Петербурге. В обоих конкурсах была удостоена звания дипломанта.
В 2007 году завершила обучение в Академии по специальности «Орган» с оценкой «отлично».
В июле 2009 года поступила в аспирантуру РАМ имени Гнесиных по специальности «Орган» (руководитель – профессор Александр Владимирович Фисейский). В марте 2012 года Маргарита завершила обучение в РАМ имени Гнесиных с оценкой «отлично»